始建于1975年，包含光明院区、福田院区、针灸医院和科教中心“一院四区”，下属机构有深圳市中医药研究所、深圳市国医之窗中医药人才培训中心、深圳市中药制剂中心。医院于1995年成为全国首批三级甲等中医医院; 1998年成为广州中医药大学首家非直属附属医院; 2012年成为广州中医药大学第四临床医学院; 2019年成为南京中医药大学附属深圳医院; 2021年入选广东省高水平医院重点建设医院。在国家三级公立医院绩效考核连续两年获得国家监测指标等级A+,通过国家互联互通标准化成熟度五级乙等，是全国目前唯一通过六级电子病历评审的中医医院。

医院现有职工2500余人，其中卫生技术人员2300余人，高级职称600余人，国家、省、市名优中医近60人。医院医疗设备总值超过8亿元，拥有多台科研型MRI和CT机、数字体化手术室、3D腹腔镜、四维高端彩超等高精尖医疗设备。目前，医院年门急诊量210万余人次，开放床位近1000张，年出院病人4万人次。医院是华南区中医肝病诊疗中心联盟、深圳市中医医疗联盟、深圳治未病联盟、深圳市中医男科医疗技术专业联盟、粤港澳大湾区中医药临床传承创新研究中心抗痛风联盟、深圳市中医护理区域联盟牵头单位。